1940年6月，萧军携妻女到达延安，定居在“延安文协”窑洞里。
从1941年7月起，萧军和毛泽东来往信件频繁，有时还直接到杨家岭毛泽东家去拜访。
1942年的一天，萧军去毛泽东家串门时，见到毛泽东正与人谈话，此人身材高大、体魄健壮、前额宽广。毛泽东一见萧军，立即微笑着介绍说：“这位是彭真同志，他原来的名字叫傅懋恭。”一边说一边在一小张宣纸上写了“傅懋恭”三个字递给了萧军，又向彭真说：“这位是作家萧军，东北人，就是写《八月的乡村》的田军。”
彭真早就看过《八月的乡村》，对萧军也有所耳闻，他紧紧握了握萧军的手，自我介绍说自己有许多化名，“彭真”是他在1937年参加全国党代会之后正式对外使用的名字。
彭真是山西人，萧军是东北人，两人虽然不是同乡，但却一见如故，越谈越亲热。彭真是创建晋察冀抗日根据地的负责人之一，此时已调任中央党校教务长，后来，萧军常去看望他。彭真的朴实、正直、热诚使萧军视之为知己，彼此建立了深厚的友谊。
1942年延安文艺座谈会结束之后，1943年文协撤销，改成中央组织部招待所。作家们大都下放去和工农兵相结合，体验生活，走不了的也分散到其他单位继续参加整风。萧军仍住原处，继续写他的长篇小说《第三代》。1943年冬，萧军因为受不了招待所负责人的冷遇，一气之下带着临产的妻子和儿子萧鸣，到延安县川口区第六乡刘庄落户当了农民。
1944年3月3日，毛泽东派秘书胡乔木在延安县委书记王丕年陪同下，来到偏僻的刘庄劝萧军回城。萧军深为毛泽东对自己的关怀所感动，考虑再三后回到了中央党校第三部。
恳 谈
当时，彭真已担任延安中央党校副校长，中央党校共分六个部，各行各业的干部分别进行整风学习。党校三部是文化人学习的地方，云集了许多文艺界的新老同志。
萧军从刘庄一回到延安，即特意前往拜访彭真，针对毛泽东在两年前力劝他“入党”的提议，首次郑重其事地提出了参加中国共产党的意愿。
萧军还带去了他在刘庄写的日记，并把自己“为什么要入党”的那部分拿给彭真看。彭真看得很认真，看后特别高兴，觉得萧军在思想上有了长足的进步，他知道，个性极强的萧军能够克服自己的个人英雄主义和自由散漫等缺点，有了入党的要求，是很不容易的。他在对萧军表示真诚的欢迎的同时，还恳切地提出：“党的基本原则是少数服从多数，下级服从上级，个人服从组织，全党服从中央。你的顶头上司不一定比你的能力强，大多数人的意见有时候也不一定正确，你能够具体服从吗？”
彭真提出的这个原则性很强的要求，使得萧军有些犹豫。萧军考虑了一会儿，也同样如实诚恳地袒露心迹，毫不掩饰地说：“不能！如果决议对，我服从；如果我认为不对，我绝对不能服从，不能照办。谁要是命令我、支使我，我立刻会产生一种生理上的反感，这是我的弱点！难以克服的弱点！看来我还是不够党员资格，我还是在党外跟着跑跑吧，别给党找麻烦！” 就这样，萧军自己又撤回了入党申请。
彭真殷切地说道：“你什么时候想通了再来找我吧！我们永远欢迎你。”他期待着萧军更大的进步。
这是萧军与彭真之间的第一次较长时间的推心置腹的谈话。萧军一向认为，在值得自己信赖和敬重的人面前，没有什么可以隐瞒的。而彭真对于萧军的态度，同毛泽东一样，除给予必要的关怀、爱护外，还需加以严格要求。谈话中，他既充分肯定了萧军的长处和优点，也极为坦诚地指出了他的缺点和不足，时不时加以督促，帮助他改进。
1945年4月，党校三部的整风学习结束以后，萧军被分配到“鲁艺”任文学系教师。
在东北
1945年抗日战争胜利后，中共中央调遣大批干部从延安出发，去各地区开展工作，建立革命政权。彭真被派往东北工作。身为东北人的萧军也被批准回东北工作。
彭真先行一步，萧军一家则在11月中旬随同周扬、沙可夫率领的“鲁艺文艺大队”踏上了奔赴东北的旅程。
临行之前，萧军去向毛泽东辞行。毛泽东对整装待发的萧军笑呵呵地叮嘱说：“希望你回到东北以后，能与彭真同志密切配合，协助彭真同志开展好东北解放区的文化工作。”最后，毛泽东亲切地再三吩咐道：“听彭真同志说你有过入党的要求，到了东北以后可以再向东北局提出来，我们欢迎你！希望你一定协助彭真同志把东北的文化工作做好！”萧军连连点头，表示一定遵照毛泽东的指示去做。
途经张家口时，萧军遇到了彭真的夫人张洁清。张洁清见萧军夫妇和3个孩子缺衣少被，便特意送来一床鲜红缎面的新棉被。萧军抵达张家口之后本想立刻去东北，但因前方路上有战事，便暂在张家口停留。
1946年8月7日，《东北日报》刊出一则消息：“适应新形势需要，东北大学扩大规模”，宣布“鲁迅艺术文学院由《八月的乡村》作者、东北青年所熟知的全国知名的东北文学家萧军先生任院长”。为了尽快将工作开展起来，彭真派人专程到张家口接萧军。
9月21日，萧军到达哈尔滨，当晚就立刻去见了彭真。在彭真的委托和支持下，萧军在哈尔滨的各学校、机关、单位做了50多天60多场演讲，每次听众少则几百人多则上千人，每天讲一场或两场，每次讲三四个钟头。在演讲中，萧军热情宣传中国共产党的政策，阐明民主政府的主张，解答群众提出的各种问题。到了晚上，萧军就及时向彭真汇报白天演讲的情况，然后两人共同研究、分析，常常谈到深夜。后来，萧军把群众提出的几百个问题分门别类整理成详细的书面材料，复写了4份，交给东北局和东北行政委员会各一份，彭真一份，自己留了一份，作为党和民主政府进行解放区各项工作的参考。
萧军刚到哈尔滨时，东北局给他派了一个警卫员，被他当即谢绝了。于是，彭真便送给他一支手枪，还送给他一支派克牌钢笔随身用。
1946年11月10日，萧军离开哈尔滨去佳木斯东北大学“鲁艺”报到，担任院长。在佳木斯，他又为当地各单位机关学校举办了多次座谈会，做了多场演讲。通过分析当前的形势，思前想后，萧军还是觉得在当时由自己创办一家出版社更有意义。于是，他给彭真写去一封信，要求辞去“鲁艺”院长职务，回哈尔滨去创办出版社。
经彭真同意后，萧军辞去了鲁迅艺术文学院院长之职，于1947年3月21日，回到哈尔滨工作。4月间，彭真指示东北局宣传部副部长凯丰资助萧军3两半黄金，开办“鲁迅文化出版社”，萧军任社长兼任“东北文协”研究部部长。5月4日，创办《文化报》并任主编。
在身边的共产党员们的善意批评和反复开导督促下，萧军终于于1948年7月间，向凯丰递交了入党申请书。
信中这样写道：
凯丰同志：
多少年来，我留在党外，这绝非从任何个人动机出发，而是从革命客观需要出发——这是我个人的认识——几次和彭真、毛泽东以及其他同志谈到入党问题，我在坚持这看法的同时也觉得自己思想、感情还未成熟，因此拖到如今。
在我个人感到现在已是我走入共产党的时期了——主观和客观条件已经到了应该解决的时期了，因此我今天郑重提出，请求加入共产党，请你转达东北局，如何考虑给以回答。此信由舒群同志转达并托他口述一切。此致敬礼！
萧 军
一九四八年七月二十五日
很快，萧军要求入党一事，由已经调任中共中央组织部部长的彭真，向毛泽东做了专门汇报。8月，经中共中央、毛泽东同意，批准接受萧军为中共党员，并由东北局正式通知他：可以参加所在党小组生活了。
然而，风云突变。在林彪、高岗等人的授意下，萧军竟被莫须有地冠以反苏、反共、反人民的三项弥天大罪，在全东北解放区内遭受到旷日持久的点名批判。紧接着，鲁迅文化出版社和《文化报》被停办，而他本人也被撤销了一切职务，下放抚顺矿山“体验生活”。自然，参加党的生活一事也就泡了汤。
直到晚年，一提及当年“文化报”的事件，以及头上那顶戴了30年之久的“三反”帽子，萧军的心境就难以平静下来。他说，如果彭真仍在哈尔滨主持东北局工作，是不可能出现这种情况的，至少，问题远不会如此“严重”。
磨 难
1950年，朝鲜战争爆发。随后，东北疏散人口，经组织同意，萧军夫人领着儿女回到北京，与离别12年的父亲团聚。1951年春节前，萧军也来到北京，与妻儿同住岳父母处。由于东北局个别人的百般刁难，拒转其组织关系，到北京后，萧军既无生活费可领取，也没有哪家单位接收。他只得一面向亲友借贷，一面从事写作以换取微薄稿酬。至次年春夏之交，为生活所迫，在写完长篇小说《五月的矿山》以后，他以一个北京市市民的身份，给已任北京市市长的彭真写了一封信，请求安排一个工作。
彭真接信后十分重视，分配萧军去设在北海公园内的北京市人民政府文化教育委员会文物组任考古研究员，月发生活费120元，另月发房租补贴20元，这才解决了萧军的燃眉之急。
在1955年和1958年，萧军两度受到批判（1958年《文艺报》第二期上再度批判王实味的《野百合花》时，又错误地把萧军在延安时经毛泽东审阅修改过的文章《论同志之爱与耐》也加以批判，致使萧军当时写好的《过去的年代》也未能再版），再度陷入困境。在此期间，萧军历经多年潜心钻研，参加培训学习，掌握了正骨、针灸、按摩等医疗技术。他决定弃文从医，将有生之年献给祖国的医疗事业，为人民服务，并将7个儿女抚养成人。
1959年5月，萧军致函彭真，请求市政府给予他行医和考试的机会。不久，市政府派来了市卫生局的两位局长了解了有关情况。5月20日，三位中医专家对萧军进行了一次技术、理论测验，萧军顺利地回答了所有问题。之后，萧军又两度致函彭真，请求给以正式的考试机会。然而，事情的结果却是戏剧性的：9月1日，萧军接到了去北京市文化局谈话的通知，10月1日起，他被安排到北京市戏曲研究所任研究员。因东北局一直没转工作关系，因此，无法定工资级别，每月发给生活费110元。
显然，这是彭真又一次帮助了萧军。尽管萧军当时对没当成医生百思不得其解，却对彭真给予他一家老小最大的支持和援助深为感动。
1966年，“文化大革命”爆发，第一批被捕挨斗的就是“彭、罗、陆、杨反革命集团”。这突如其来的事件，使萧军大吃一惊。他对罗瑞卿、陆定一、杨尚昆三位的情况不太了解，但对彭真的革命历史与贡献是清清楚楚的，彭真怎么会是“反革命”呢？
为此，当林彪、江青一伙欲置彭真于死地而后快时，萧军十分愤怒，他全然不顾日益逼近的危险，义愤填膺地呼吁：“彭真同志是一位受人尊崇的老革命！”
后来，当听说在北京工人体育场召开的十万人批斗大会上，彭真在暴力胁迫下，始终没有低下他那正气凛然的头时，萧军从心底里为彭真的正气叫好，也更加深了对彭真的敬意。
不久，萧军自己也遭到批斗、毒打、抄家、关押、劳改，可他以巨大的意志力和对党的信任，承受着皮肉之苦，忍受着不白之冤，一直能站稳革命立场，坚持革命原则。直到1974年7月，萧军才被“解放”，被安排到木材厂当一名壮工，年已67岁的萧军拒绝了。最后，萧军便被分派到新街口街道办事处，成了一名被监管的“居民”。
在这段非常岁月里，虽然彭真与萧军都受到了极不公正的待遇，但是，身陷囹圄的彭真没有放弃自己的信仰，他集中精力研读马恩列斯毛的著作，潜心思考中国革命与建设的诸多深层问题；萧军也没有放下手中的笔，写出了大量的诗词。
1978年底，彭真从“下放地”陕西省商县回到了北京。1979年，中共中央为他平反昭雪，恢复了名誉。随后，他被选为全国人大常委会法制委员会主任，负责领导制定各项法律，并监督执行。复出的彭真，虽然年事已高，但工作热情不减当年，他兢兢业业，日夜辛劳。
1980年4月，中共中央组织部、宣传部批复了北京市委给萧军做出的政治结论：“……萧军同志早年投身于民族解放运动，并以自己的文学创作宣传抗日救亡，反对国民党反动派的卖国政策和独裁统治，他为追求进步和光明，两次去延安。萧军同志拥护中国共产党，拥护社会主义，是一位有民族气节的革命作家……”并在结论中申明：关于《东北局对萧军问题的决定》，《文艺报》对萧军的“再批判”，姚文元点名萧军是“反党分子”，“文化大革命”中将萧军作为“老牌反党分子”关押批斗……都是错误的，应予平反。几十年以来强加在萧军头上的种种罪名全部被否定了。萧军恢复名誉之后，参加了第四届全国文代会，被选为主席团成员，并当选为中国文联委员、中国作协理事、全国政协委员，还担任北京市作协副主席。
重 生
萧军恢复名誉之后，首先想到的是写信问候彭真夫妇，庆贺大家重新获得了自由，全国恢复了正常秩序。
1984年1月26日，彭真特意邀请曹禺夫妇和萧军夫妇到他家去小聚。大家劫后重生，感慨万分。席间，萧军的女儿就“萧军行医”不成一事向彭真请教：“彭老，父亲从东北到了北京之后，决心弃文从医，而且还考取了中医正骨、按摩的开业文凭，马上就要挂牌营业了，传说是北京市委下了指示，说萧军行医，影响太坏，于是，市里就把他安排到……这才有了固定的生活费，养活了我们这一帮儿女……确曾有过这样的事吗？”
彭真微笑着点点头，说：“嗯，有这回事。”他略作停顿，回忆道，“不过，当时我是这么讲的：萧军在东北有什么错误，我不过问。有一条――共产党是不能饿死人的，总得给出路。而且，他又是《八月的乡村》的作者、鲁迅先生的弟子，影响面很大……那时候，由我来主持北京市的工作，说话还算数吧！哈哈……”彭真的话，引起在座人的一阵欢笑。
1985年，萧军夫妇收到了彭真亲笔签名的《中华人民共和国法律汇编》精装本。夫妇俩手捧沉甸甸的书册，不禁心潮难平：这本书在彭真的领导下精心汇编了从1979年至1984年的所有法律法规，使得普通老百姓从中受益，既增长了法律知识，又可以运用法律来维护自己的权益。萧军为了记住这个值得纪念的日子，情绪激昂地挥笔在书中写下了“一九八五年十月十一日收”的字样，并认真签了名，还盖上了自己的印章。
1987年1月27日，彭真和一些参加过1942年延安文艺座谈会的老同志们集会时，和萧军促膝谈心，谈了很久，希望他继续努力，为开展祖国的文化工作带好头，多做贡献。
萧军没有辜负彭真的期望。1987年4月，以萧军为团长，叶君健、韶华为副团长，张楔为秘书长的中国作家代表团一行15人，前往香港、澳门进行文化交流和参观访问。他们所到之处，受到了港澳以霍英东、马万祺二位先生为首的各界的热烈欢迎和款待。开会、座谈、参观，一直忙到5月16日下午才返回北京。
回京之后，年事已高的萧军因积劳成疾，突然发病，经检查，被确诊患了贲门癌。6月19日下午3时许，正在主持全国人大常委会会议的人大常委会委员长彭真闻讯后，立即委托自己的秘书赶往医院探望萧军。与此同时，彭真还亲自给医院负责人打了电话，关切地询问病情，并请他们多多关心对萧军的治疗……
在此次探望中，彭真的秘书详细地听取了萧军提出的关于寻找当年在东北的演讲材料，关于鲁迅著作版权，关于请求提前安排煤、卫、暖设施齐全的住宅等问题的意见和请求。1987年12月11日，在彭真的亲切关怀下，萧军一家从居住了几十年的后海边一处危楼搬入了新落成的京西木樨地茂林居，这是一套单独走廊、设施齐全、宽敞明亮的高层套房。然而，由于病情急剧恶化，萧军只在这里住了一个月，便再度住进了海军总医院，直至逝世。但是，他从心底里深深感激彭真，使他在临终前实现了一个夙愿。
转眼到了萧军80大寿的日子。儿女们做好了充分准备，向医生请了假，将萧军接回后海“蜗蜗居”小楼过生日。祝寿宴会上，彭真专程派司机送来一个特大的生日蛋糕，给萧军祝寿。萧军高兴之余，特意捧着蛋糕照了一张相留作纪念。
1988年2月3日晚8时许，即将从委员长任上卸职的彭真偕夫人张洁清前往海军总医院探望了病重的萧军。一见面，两位老友紧紧地握着手，半天也不松开……
彭真亲切地对萧军说道：“早就想来了，事情太多，总是脱不开身。”他希望萧军安心养病，医院已经做好了准备，会全力以赴治疗的。彭真还勉励说：“你是一个坚强的人，会坚持住的……” 他鼓励萧军应当树立战胜病魔的信心，和医生密切配合，争取早日恢复健康。
萧军听了十分激动，他说自己对生死早就置之度外了，怎么样都行，医生、护士都照顾得很好。末了，他请彭真放心，并希望彭真夫妇多加保重。
临别时，彭真又一次嘱托院方，一定要尽最大努力救治萧军。
忙于国家事务的彭真时刻挂念着萧军病情的发展和治疗情况。在萧军的手术日期确定后，3月1日清晨7时10分，彭真又派专人送来一封信，以示关怀：
萧军同志：
闻医院已和你商定明日动手术，不禁一则以喜，二则以惧。像我们这样高龄的人动这类手术，怎能不令人多少有点担心，但想到手术的结果会切除痼疾，又感到高兴。
不用说你会知道医院既决定动手术当然要竭力采取万全措施。同时你是饱经战斗，刚强成性，而又胸襟豁达的人，必能和医生紧密配合，保证手术的顺利成功。等候佳音，并祝早日康复。
彭 真
二月二十九日夜
萧军读了这封情真意切的信以后，深受感动，热泪盈眶，他立刻写了回信，叫女儿马上给彭真送去，不要耽搁。复信是这样写的：
彭真同志：
收到您2月29日夜写给我的信，很为感谢。
对自己的生死，我早已置之度外，特别是对这疾病，如今是非除祛不可！改良主义是不行的。
我平生没有什么遗憾的事，无论是用口，还是用笔，以至用手，我是尽了一个中华子孙应尽的力……只是朋友们的情谊，时时使我感到关情切切，难以自已。
您，年纪比我长，国事又如此地繁忙，万望您能有劳有逸永葆健康。
海军医院的同志们和我本人都有信心闯过这一“关”。请放心。
洁清同志及孩子们同此问候。
祝
好！
萧军上
一九八八年三月一日
于海军医院5022室
这次萧军的手术，结果很不理想：病灶大面积地转移，癌瘤已无法切除，只好进行了空肠造“瘘”术，每天靠输送营养液才得以维系萧军的生命……
虽然由于癌细胞全身扩散，手术回天无力，但是，在此后3个多月的救治中，彭真不止一次地过问萧军的治疗情况，即使是在外地，彭真也时时刻刻关怀着萧军。
4月15日，北京春回大地，彭真及夫人张洁清委托秘书送来了自己院子里开放的丁香、海棠等鲜花以示慰问。萧军见了顿时精神振奋，高高兴兴地捧着鲜花摄影留念。随后，他又兴致勃勃地取过笔和纸，给医生们写了封信：
赵大夫、徐主任：
这是我们尊敬的朋友送来他们院中的鲜花，我愿这光荣归于您们，谨此奉上。 此致敬礼！
萧 军
1988年4月15日
6月22日凌晨，81岁的萧军走完了他坎坷不凡的人生。
当从中央电视台、北京人民广播电台得知萧军逝世的消息之后，彭真和夫人张洁清即刻从外地开会的地方打来长途电话，向萧军的家属表示了哀悼和慰问。7月8日，在八宝山革命公墓举行的送别仪式上，彭真等党和国家领导人敬送了花圈。
萧军虽然去世，但是彭真对与萧军有关的各项事业仍然一如既往地给予支持。1990年，在萧军离开人世两周年之际，一部64万字的《萧军纪念集》出版，彭真欣然为此书题写书名。当1991年在沈阳召开《萧军纪念集》首发式时，彭真又挥笔写下了“萧军同志的一生是革命奋斗的一生”的题词。
1997年4月26日，彭真不幸逝世。当正旅居湖南湘潭的萧军的夫人王德芬突然从电视机里看到彭真去世的噩耗时，不禁震惊悲痛至极，她立刻打长途电话给在北京的儿子萧鸣，嘱咐他速去彭真家中吊唁，并代她慰问彭真的夫人张洁清。
关于自己与彭真的这段至深友情，萧军在离世之前曾经对家人讲过这样一段意味深长的话：“……我之所以和毛主席、彭真同志相交，首先，他们不是按一般的作家来看待我的，我也不是按一般的政治领袖来看待他们的；其次，我不是他们的下级，我尊重他们，但也并没忘记我自己。我们是同志、朋友、知交，是半宾半友的形式相处的。……‘共信不立，互信不生；互信不生，团结不固’。正因为他们二位对鲁迅先生有着深刻的认识，而且十分尊重，鲁迅先生对中国共产党也是有着充分的认识的。我们的友情，是建立在‘鲁迅关系’上的，才可能这样的理解和久远……”
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