为了应对能源需求量不断增长和保护环境的双重挑战，一段时期以来，研发生物燃料成了热门话题。许多国家和地区都制定了生物燃料发展目标。欧盟提出，到2020年用于交通的燃料中要有10%是生物燃料；美国2007年初在《国情咨文》中表示，未来10年要开发替代能源，将石油消耗减少20%；印尼也宣布将从2007年开始研发生物能源。不过，对这些雄心勃勃的计划，专家们最近发出了不同声音，给日益升温的生物燃料泼了些"冷水"。
生物燃料被认为是环保的干净能源。对于它是否真正那么"绿色"，专家们给算了另一笔账：巴西毁掉亚马孙雨林种甘蔗，毁林减少了对二氧化碳的吸收量，要高于使用乙醇燃料减少的二氧化碳排放，实际上是得不偿失，类似情况也发生在一些东南亚国家。细推之下，生物燃料似乎不如想象中的那么"环保"。
生物燃料是否真的"可完全再生"，也受到质疑。石油和煤是不可再生的，随着消费量的不断增加，总有一天将面临枯竭。生物燃料取自人们播种于大地的植物，是否就真的取之不尽、用之不竭呢？对此，专家们提出，生产生物燃料更需要"天时地利人和"。生物燃料的原料生产首先需要大量的耕地。而地球上有限的可耕地还担负着为人类提供粮食的重任。美国用玉米提炼乙醇，墨西哥玉米饼就涨价，已经说明了问题。如果大量的粮食被用于提取燃料，会不会出现世界8亿机动车主与20亿贫困人口争夺粮食的局面呢？
此外，农作物生长需要水灌溉，而水同样也是世界范围内的短缺资源。国际农业研究磋商组织警告说，以印度等国的生物燃料增产计划和人口增长趋势为基础进行预测，结果显示，为满足用玉米、小麦、甘蔗等作物生产生物燃料的所需用水量，到2030年印度需要新增用水约300亿吨。这清楚地告诉人们，如果没有土地和水，生物燃料也将无法再生。
任何一种新事物的出现都会伴生新的问题和矛盾。发展新能源是全人类共同努力的目标，但其过程不会是一帆风顺。在传统能源日益短缺、环境问题愈加严重的背景下，寻找替代能源是各国的共识，而生物燃料只是其中的一种选择。但如果为了发展一种新能源而损耗了其他资源，就有些违背初衷了。如今各国政府、专家有关发展生物能源的探讨，正好提供了一个机会，人们可以探究一下生物燃料得与失，三思而后行，通过继续研发新技术，找到回答问题的"金钥匙"，解决生物燃料的后顾之忧。
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