一般认为花的演化过程是与昆虫的演化过程平行发生的。但由于到现在为止还没有发现花的化石，所以一般不清楚它的来源。植物学家只能依靠现存植物类群的花，进行各种比较研究，推测花各部分之间、花与其他器官之间的关系，以及花的原始状态等等。
18世纪，J.W.von 歌德提出变态学说，认为花与茎、叶在本质上是同源的。20世纪30年代，W.齐默尔曼提出顶枝学说，却认为花是一种枝干系统，花与各种叶子只是一种平行进化的关系。然而一些花、特别是原始花的各部分开始发生时，不论从个体发育的来源看，或基本的维管组织结构看，都很象叶子。就是那些比较特化的花，也常可看到各种叶状的过渡结构。因此，如果从形态学上看，花是一种孢子叶球，如果从解剖学上看，那么花好像就是一个枝条，不过节间缩短，顶芽与腋芽消失，上面着生了与营养叶相似的花被、雄蕊和心皮等。
从比较原始的花,进化成高度特化的花的过程中,花的各部分有许多变化，例如花轴由长变短；花各部分的数目,由多变少;花各部分从螺旋排列趋向轮状排列；一轮中各部分由分离的变成连合；由辐射对称变成两侧对称；由完全花变成不完全花；有花被的进化到了无花被；由两性花演变成为单性花等等。
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