明清时期，随着人口的不断增加，土地利用又得到了深入的发展。与水争田和与山争地，仍然是明清时期土地利用的主要途径，不过争田、争地的范围又有所扩大，主要的区域已由原来的长江下游发展到了长江中流，甚至于长江上游和陕西地区。这其中最有名的当属湖广一带的垸田（即圩田），垸田的开发，使得两湖地区成了新的谷仓，以至于在明代中期以后就有了“湖广熟，天下足”的说法。
在与水争田，与山争地的同时，人们还加紧了对盐碱地、冷浸田、海涂、低产田等的改良和利用，著名的陇中砂田就是在这个时期形成和发展起来的。陇中地区降雨量少，蒸发量大，无霜期短，气温偏低，温差很大，水源不足，而地下水含碱成分高，对作物生长十分不利。砂田即是在这种自然条件下的特殊产物。砂田是先将土地深耕，施足底肥，耙平、墩实，然后在土面上铺上厚达六至十二厘米不等的砂石，通过砂石的增温、保墒、保土和压碱等综合性能，来取到增产的效果，这是明清时期改造低产田的一项重大发明。
土地利用的深入发展还促进了桑基鱼塘的形成和发展。所谓桑基鱼塘，据广东《高明县志》的记载，其办法是将低洼地挖深变成水塘，挖出的泥堆放在水塘的四周为地基，基和塘的比例为六比四，六分为基，四分为塘，基上种桑，塘中养鱼，桑叶用来喂蚕，蚕屎用以饲鱼，而鱼塘中的塘泥又取上来作桑树的肥料。通过这样的循环利用，取得了“两利俱全，十倍禾稼”的经济效益。这种土地利用方式在明朝中叶江苏常熟地区即已出现。以后很快就在地势低洼的太湖地区和珠江三角洲地区推广开来。其形式多样，除典型的桑基鱼塘以外，还有的是以农副产品养猪，以猪粪肥田；有的是以青草、桑叶养羊，以羊粪壅桑，还有的是以鱼养桑，以桑养蚕，以蚕养鱼。
新作物的引进
明清时期，土地利用的深入发展与甘薯和玉米等新作物的引进有着密切的关系。甘薯和玉米等原产于美洲。自哥伦布发现美洲新大陆以后，传到了欧洲，以后经由不同的途径，先后传到了中国。
甘薯最初是从福建和广东两省传入中国的，具体说来又有几条不同的路线。一是明万历年间，从国外引种到漳州，由漳州传到泉州，再由泉州传到福建莆田地区，这条路线以漳州最早；一是明万历十一年至十二年（和甘薯相比，玉米的引进可能要更加早一些，明嘉靖三十九年（清时期传入的新作物还有花生。一般认为花生原产南美巴西，但也有人依据二十世纪五十年代浙江吴兴与江西修水先后出土的植物籽粒，主张中国古已有之，是原产地之一的说法。但花生的广泛种植确在明清时期，且极有可能是明清时期传进来的。明代方志如嘉靖《常熟县志》马铃薯也是明清传入的新作物之一。传入之后各地叫法不同，有称洋芋、阳芋，也有称马铃薯、山药蛋。《植物名实图考》“卷六”：“阳芋，黔滇有之，绿茎青叶，叶大小，疏密，长园形状不一。根多白须，下结园实。压其茎，则根实繁如番薯。茎长则柔弱如蔓，盖即黄独也。疗饥救荒，贫民之储。秋时根肥连缀，味似芋而甘，似薯而淡。羹霍煨灼，无不宜之。叶味如碗豆苗，按酒侑食，清滑隽永。开花紫五角，间亦青纹，中擎红的绿蕊一缕，亦复楚楚。山西种之为田，俗呼山药蛋，尤硕大，花色白。闻经南山氓，种植尤繁富者，岁收数百石云。”马铃薯传入中国的确切时间和路径待考，一般认为是多次多途径的。最早见于记载的是康熙时福建《松溪县志》从甘薯、玉米等新作物的传入和推广中不难看出，新作物对于山地和海涂的利用起着重要的作用。由于山地和海涂的利用，使得人口对于原有土地的压力又有所减轻，这就为明清以后，人口的激增创造了条件。另有一种传入的作物为烟草。明代中叶，烟草自菲律宾传入中国，当时仍旧使用其在本土的读音“淡巴菰”。“淡巴菰”的传入和甘薯、玉米等不同，它不仅损害了吸食者的健康，同时侵占了大量的良田。明崇祯年间，已有不少人以吸烟为乐，一些种植粮食的农田也改种烟草了。但烟草的传入对后来中国经济的发展还是产生了不小的影响。
1583年—1584年），有人把甘薯由海上传到了晋江，第二年在泉州推广，这条件路线以泉州为最早；一是明万历二十一年（1593），福建长乐商人陈振龙从菲律宾的吕宋岛引种甘薯到家乡，次年由福建巡抚金学曾加以推广，这条路线以福州为最早。大致在福建从吕宋引种甘薯的同时，广东也从越南引进这一作物，东莞人陈益于万历十年从越南把薯种带回到东莞。甘薯引进后，首先在闽粤部分地区得到推广，十七世纪初，甘薯由福建引种到了长江流域，到十八世纪前期，长江流域许多省都已有甘薯栽培，出现了“高山海泊无不种之，闽、浙贫民以此为粮之半”的局面。与此同时，甘薯也开始传到了北方黄河流域地区。明清之际，为了推广甘薯而编写的著作有徐光启的《甘薯疏》、陈世元的《金薯传习录》和陆耀的《甘薯录》等。1560年）甘肃《平凉府志》中就有关于“番麦”的记载，就其对番麦所作的植物学形态的描述，可知番麦即玉米，证明至迟到十六世纪中期，玉米已传入到中国。从玉米栽培的最早记载出自甘肃平凉来看，玉米可能是从中亚沿古丝绸之路引进到中国的。十六世纪七十年代，杭州人田艺蘅在《留青日札》中也认为：“御麦出于西番，旧名番麦，以其曾经进御，故名御麦”。同时，他还记载：“吾乡传得此种，多有种之者”。说明当时杭州已有玉米栽培。但当时玉米的种植并不普遍，主要分布在山区。所以《本草纲目》说：“玉蜀黍种出西土，种者亦罕”。大致到十九世纪以后，随着人口的不断增加，玉米种植不仅继续向山区，而且也向平原地区扩展了。出现了“遍山漫谷皆包谷”的景象。(1538)已有明确记载；王世懋的《学圃杂疏》(1587)也已述及，“香芋、落花生产嘉定。落花生尤甘，皆易生物，可种也。”就其有关生物学性状及经济特征叙述较为详尽的，当属18世纪中期成书的《三农记》。书中就其叶、花、根的形态都有所记叙，并以“角插土中成荚”来概括说明，花开胚珠受精，子房柄随即向下伸长，发育为荚果的过程。按“荚”是指延伸的子房柄；“角”指子房和发育的荚果。从而对落花生这一名称的由来也已提示。在指出花生的多种用途及经济价值时，强调其可充油料，而花生已成油料作物则始见于本书，从它说当时湖田沙土已普遍种植，又可推知花生已是主要的油料作物。(1700)。有关资料见于方志的仅六十多种，远少于本期其他引进作物。经统计分析，其种植分布之处多为贫瘠冷凉山区。
一岁数收技术
为了应付日益增长的人口需求，人们还着眼于对现有土地的利用，这就促进了多熟制的进一步发展。十八世纪中叶以后，中国北方除一年一熟的地区以外，山东、河北、陕西的关中等地已较普遍地实行了三年四熟或二年三熟制，这种农作制经过逐步完善，到十九世纪前期，传统的种植制度已基本完成。但由于受自然条件的限制，明清时期中国北方的一岁数收之法主要还是通过间作套种来实现的。清代农学家郑世铎在《知本提纲》中讲述了一个自己亲自实验过的例子，“其法：冬月预将白地一亩上油渣一百五、六十斤，治熟。春二月种大蓝，苗长四、五寸，至四月间，套栽小蓝于其空中，再上油渣一百五、六十斤。五月挑去大蓝，又上油渣一百五、六十斤。六月剪去小蓝，即种粟谷。秋收后，犁治极熟，不用上粪，又种小麦。次年麦收，复栽小蓝；小蓝收，复种粟谷；粟谷收，仍复犁治，留待春月种大蓝。是岁皆三收，地力并不衰乏，而获利甚多。”农学家杨双山还提出一个“二年收十三料之法”，包括菠菜、白萝卜、大蒜、小蓝、谷、小麦等多种作物。
南方的多熟制首先是发展了以水稻为中心的水旱轮作制，包括水稻与小麦、蚕豆、油菜、蔬菜、大豆、荞麦、棉花等多种形式的轮作复种制。其中最值得注意的是双季稻和在双季稻基础上，再加上各种小麦，形成的麦、稻、稻三熟制。双季稻在魏晋时期代即已在岭南地区出现，宋元时期，在南方稻作区得到了较大的发展，不过在明清以前，主要是再生双季稻，明清时期，则发展起来了间作双季稻和连作双季稻，据《农田余话》的记载，明初，闽广之地已有间作双季稻的栽培，到了明末，据《天工开物》说：“南方平原，田多一岁两栽两获者……六月刈初禾，……插再生秧”，表明南方平原地区，连作双季稻的栽培已比较普遍。在双季稻的基础上，再加上小麦，或油菜等越冬作物，就成为一年三熟制。不过由于各地的自然和社会条件的不同，南方双季稻和三熟制的发展并不平衡，总体水平并不太高，例如，太湖流域地区仍然是以稻麦二熟制为主，是以太湖地区的农业改制成为百余年来，农学家们所关注的问题。
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