湖泊生态系统，是由湖泊内生物群落及其生态环境共同组成的动态平衡系统。湖泊内的生物群落同其生存环境之间，以及生物群落内不同种群生物之间不断进行着物质交换和能量流动，并处于互相作用和互相影响的动态平衡之中。这样，在湖泊内构成的动态平衡系统就是湖泊生态系统。
为什么说湖泊不堪重负?
湖泊以仅占全球淡水万分之一的水量，以不到全球面积1％的水体，提供了全球生态系统服务价值的40％。湖泊的环境保护具有极其重要的地位与意义。然而，在所有的自然生态系统中，湖泊又是最脆弱和最难恢复的生态系统之一。目前世界各地的湖泊几乎都面临着同样的问题。
在全球气候变化和工业化、城镇化进程快速推进的背景下，我国湖泊管理与保护面临严峻挑战。
一是湖区防洪能力依然偏低。特别是受河道淤积、城镇及圩区面积扩大、河湖面积减少等因素影响，防洪减灾的难度进一步增加。
二是湖泊萎缩退化形势严峻。在气候变化和人类活动的双重作用下，一些湖泊出现了水位持续下降、集水面积和蓄水量不断减小的现象，有的湖泊甚至干涸。自20世纪50年代以来，全国大于10平方公里湖泊中，干涸面积4326平方公里，萎缩减少面积9570平方公里，减少蓄水量516亿立方米。
三是湖泊水质恶化趋势尚未遏制。水体富营养化问题严重，一些湖泊出现水华暴发、水体缺氧等现象，不少湖泊水质已沦为Ⅴ类或劣Ⅴ类。在2007年调查统计的43个湖泊中，有27个湖泊处于富营养化状态，其中，太湖、巢湖、滇池等12个湖泊处于重度富营养化状态。
四是湖泊生态功能严重退化。一些地区对湖泊资源的不合理开发利用，破坏了湖泊生态系统平衡，导致湖泊生物多样性锐减，湖区植被衰退，湖周土地沙化，湿地严重萎缩，湖泊系统急剧退化，严重威胁着周边地区生态安全。
休养生息战略思想是怎样提出的?
水污染是中国面临的最严重环境污染之一。近20年来，水污染从局部河段到区域和流域，从单一污染到复合型污染，从地表水到地下水，严重制约可持续发展。
从“九五”开始，国务院连续3个五年批复重点水域防治计划。2006年、2007年、2008年连续3年，温家宝总理在政府工作报告里都对重点流域水污染防治工作作出了要求和部署。防治江河湖泊尤其是重点流域的水污染，成为我国环境保护工作的重中之重。
2005年年底的松花江污染事件，2007年初夏太湖蓝藻集中暴发，让人们感受到水污染带来的严重后果。淮河、滇池、巢湖等重点流域，都是治污多年，水环境质量却无明显好转，防治水污染需新思路。
2007年5月，在哈尔滨召开的松花江流域水污染防治工作会议，提出将松花江流域水污染防治提到更高的战略位置，并采取一系列举措，进一步加大污染防治力度，让松花江休养生息，促进全流域的可持续发展与和谐稳定。
这是国家第一次提出让水环境“休养生息”，其内涵就是“给江河湖泊以人文关怀，不断减轻其污染负荷，恢复生态系统的活力”。
2007年10月，党的十七大报告在分析我们前进中面临的困难和问题时，首先提到“经济增长的资源环境代价过大”。资源环境代价过大的一个突出表现就是江河湖泊污染严重，水质下降，直接威胁人民群众的生产和生活。
2008年年初，胡锦涛总书记在安徽考察淮河时发表重要讲话，明确提出要让江河湖泊休养生息，恢复生机。极大地统一了人们的思想认识，使“休养生息”不仅成为治理江河湖泊的一项政策措施，更成为站在生态文明的高度，指导新时期我国治水治污的重大战略思想。
全面实施休养生息条件成熟吗?
让江河湖泊休养生息，是在我国综合国力有了显著增强的背景下提出的。改革开放以来，我国经济建设取得了重大成就，经济总量已经位居世界前列。2008年，国内生产总值30.067万亿元，财政收入3248.69亿元。一些江河湖泊不堪重负的地区，也是经济发达的地区，像太湖流域2008年人均GDP已达到6.6万元，已经完全具备了实行休养生息的经济实力。
同时，在一定程度上讲，一些地方的经济快速发展是以牺牲环境为代价换取的，经济增长越快，财政收入越多，也应该拿出更多的资金、腾出更大的空间保护环境。当然，在休养生息的前期，可能要牺牲一点经济增长速度，但换来的是经济质量的提高和环境质量的改善，换来的是长期稳定健康的发展。经过长时间的努力，让江河湖泊的水环境质量得到明显改善，使一些江河湖泊的生态系统进入良性循环，以形成人与自然和谐相处的宜居环境。
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