1.行为医学研究应以心理学、行为学的研究理论为基础。涉及心理行为与健康和疾病这一命题的重要理论有行为理论、精神分析理论、人本主义理论、心理生理理论、应激学说、生物反馈原理等。行为理论包括Pavlov的经典条件化理论、Skinner的操纵条件化理论、Watson的学习理论、Wolpe的交互抑制和系统脱敏理论和Bandura的社会学习理论等。行为理论通过精心设计的实验方法对动物行为进行定量观察，认为环境因素对行为具有决定性的影响。
精神分析理论认为人类的各种行为主要受内在本能活动的驱使，与一些潜藏在内心深处的无意识矛盾冲突、冲动、欲望等有关，即认为行为是内在心理活动的外部表现，研究方法主要是自由联想以及分析梦和日常生活中的某些失误等，侧重探讨人的本能、需要、动机、情感、无意识以及人格等深层心理问题，强调童年早期的经历和心理创伤对成年后行为的影响。
人本主义理论认为，行为研究必须考虑行为内在的、固定的决定因素，也包括外在的、环境的决定因素。仅仅客观地观察人的行为是远远不够的，也必须研究人的主观，考虑人的感情、欲望、需求和理想。应激学说认为应激是机体针对外界刺激的非特异性反应，即不论外界刺激的性质如何，机体总是作出大致相同的反应。应激必须通过一定心理过程的中介，强调应激不仅取决于外部刺激的特征，而且还取决于个体对应激情境的认知评价和应对过程。生物反馈原理重视应用操作条件反射原理训练控制动物内脏的生理活动，并建立了内脏学习理论。
生物反馈技术借助于仪器的感受、放大或转换，可以将人体内部的一些不受意识支配或不被觉察的内脏生理活动，如皮肤温度、肌张力、血压、心率和心律、胃肠平滑肌收缩以及脑生物电活动等信息，以声、光、仪表指针或监控装置显示的符号、数字等信号形式，连续不断地直接反馈给被测试者，使其能随时觉察到自己体内的某些生理过程的动态变化情况，并根据这些反馈信息有意识地调整自身的活动，从而使这些原本不受意识支配的生理活动在一定的范围内受到有意识的调控。
2.行为医学研究的基本方法：
①观察性方法：对观察研究的对象不施加目的性干预措施的一种方法，分为简单观察法和问卷调查。简单观察法要求被研究对象在尽可能近乎“自然”的情境里活动，观察记录其有关的全部行为特征，以达到研究目的。常用于对典型异常或病理行为的早期描述和系统处理。问卷调查，是根据一定的理论假说，编制成相应的问卷，被研究者回答问卷中的问题，通过一定技术处理回答的结果。广泛用于各种行为、疾病问题的评价和诊断；
②实验性方法：根据一定的理论假说，严格控制各种有关因素，对研究对象施加目的性实验干预，以研究了解其作用的方法。行为医学采用“准实验性”的研究方法，即把社会自然发生的条件因素作为实验条件进行研究。如研究特定环境或特定干预因素作用下人的行为健康问题和疾病变化等；
③模拟方法：在一定的理论假设和大量的观察、实验的基础上，通过周密设计、布置之后，在实验室里模拟“特定环境”，观察研究对象在特定环境下的行为学变化。
3.行为医学研究的基本程序：行为医学研究的问题可概括为两大类，一类为评价性问题，是目前行为医学科研中大量提出的问题。研究过程中对已有事物进行客观比较，并得出相应评价性答案，没有明显性的创造性，但却有着十分重要的现实意义。另一类为发展性问题，研究需采用创造性思维才能解决的问题。研究课题设计通常经过以下步骤：①提出问题，选定研究题目：研究题目来源于临床实践和过去已有的研究文献。研究者可基于实际工作，经过理性思维分析，从实践中提出。也可根据科学发展的趋势，在对现有研究文献分析的基础上，搜寻可研究的关键性问题。提出研究课题时，应注意具有科学性和创新性；题目既要来自实践，又要用于指导实践。立题应有理论根据，切忌重复他人的研究，即使对前人已研究的课题进行研究时，也应当有新意或有进步和发展。②建立假设：对所选的课题，应全面熟悉有关的研究现状、研究方法、有关理论、存在问题的基础上，提出可行性的假设。建立的假设应能够解答所研究的问题，假说论证具有可操作性，保证研究工作有明确的方向，从什么地方开始，达到什么目标。③调查与实验设计：实验设计要对解决的问题，提出设想。考虑如何控制自变量，如何观察记录应变量，尽量减少无关变量的干扰。设计中要注意其可验证性，能针对问题，提供答案，能加以推论。④数据收集：数据的可靠性是研究水平高低的重要决定因素。行为医学研究中的数据收集不象临床医学那么具体、客观。行为医学量表评定人的心理、行为学指标，数据的可靠性与评定者的训练水平、调查技巧和量表的操作性有密切关系，应尽可能排除人为因素的影响。⑤数据的加工与分析：通过调查或实验获得的大量数据，必须进行加工整理，目的是简化、概括、归纳，检查各种变量之间的关系、分析各种复杂的相互关系中主要矛盾。在分析资料中将收集的资料进行数量化或可供观察的等级化，以便能统计分析和控制应用。⑥获得结论：对大量数据进行加工分析之后，应做出结论，证实或推翻事前的假设。要特别注意不能根据部分的事实作出普遍的结论。
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