阴阳哲学的内容丰富，在古今中外一直存在很多角度的理解。比如海外就有学者认为中国古代用“物理”和“心理”共同说明问题，是阴阳哲学对物与心的共鸣（resonance） ，还有把物候变化和“心理”共同类比来说明阴阳哲学的情况理解成节奏（rhythm） 。如果剔除一些假借阴阳哲学之名，实为迷信糟粕以及对阴阳哲学的机械理解，则可以显示出这一哲学的历史作用。下面要阐述的是阴阳哲学在中国古代文化中的地位、阴阳五行理论、阴阳哲学的研究对象和由此产生的心性观点及其带来的心身问题。
（一）阴阳哲学的地位
阴阳哲学在孔子生活的时代已经具有了崇高地位。其重要的标志就是作为群经之首的《易》，所有的卦都是由阴阳爻组成。而《易》以及《易传》的相关内容，一直成为后世哲学的依据。阴阳哲学实际上一直在总领儒、道、医。阴阳哲学在儒家的这种地位，可以从正统儒学把《易传》看成是孔子之作这一点上得到证明；阴阳哲学在道家的这种地位，可以在道家对宇宙解说运用的正是阴阳哲学这一点上得到证明 ；阴阳哲学在医学上的这种地位，可以从《黄帝内经》全文以阴阳解说和直接引用《易传》中阴阳论述的情况得到证明。阴阳哲学的这种地位，要求解析传统文化心理学思想时必须注意阴阳理论的作用，同时也使阐明阴阳理论具有了更重要意义。
正是阴阳哲学这种历史地位，使中国人无论从文化心理角度，还是从中医学角度，只要涉及到心身问题，就无法摆脱阴阳哲学的影响。从心性修养，到心身疾病，无不如此。
（二）阴阳五行理论
古人对阴阳五行，都是用生命的活性来加以理解，并用来说明活生生的事物。明确这一点，对正确理解儒家心性学说非常重要，对理解儒家心性理论对中国人心身健康发生的作用同样非常重要。
上个世纪五十年代以后中国大陆有关古代阴阳哲学的认识几乎是统一的，而这种统一就在于阴阳学说符合唯物辩证法的矛盾论。与此相关的认识是，五行理论就是古代朴素的唯物论，而这种说法的依据就是把《尚书 洪范》中的五行理解成五种物质。近年来这种情况发生了一些变化，这表现在很多学者试图摆脱辩证唯物主义的统一哲学模式来重新理解古代哲学思想。事实上，当离开辩证唯物主义的角度回归到秦汉之前哲学水平上的时候，阴阳哲学就会显现出原本的内容。早在上个世纪六十年代台湾学者徐复观就注意到，先秦文献中凡提到“五行”时大都是用“阴阳五行”，而提到阴阳则经常不带有五行，这说明五行是依附阴阳存在的 。遗憾的是徐复观对阴阳五行理论的考察没有关注到还有中医学的存在，也没有提及到《黄帝内经》中的相关论述。因此对阴阳理论如何驾驭五行学说没有做出进一步的探讨。实际上，阴、阳、木、火、土、金、水，在原本体系内都是抽象的概念，其中的木、火、土、金、水并不是指有形的物质。本观点的相关证据如下：
第一点，早期文献上不支持五行是五种物质的说法。
行，古文是走的意思。《洪范》原文：
“五行，一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。”
郑玄《洪范注》：“行者，顺天行气也。”《春秋繁露》解释说：“行者，行也。”五行的“行”首先是动词，然后转化成描述“动”的名词。五行，也就是五种基本走势。所以接着就用了五种运动方式来说明木火土金水。可见汉代儒家理解的木火土金水，是基于阴阳运动方式作出的定义，而不是五种基本物质。至于《左传》中才出现“五材” ，这并不表示五行就是五材。“行”字在古代从来就没有“材”的含义，把“五行”解释成“五材”也就没有任何根据。这种把不同的文献的内容没经过文字训诂而硬放到一起解说的做法，在学术上是不严谨的。
《尚书 甘誓》中提到“五行，”《尚书 洪范》又细论五行。越来越多的证据表明《洪范》是西周时期就成书的作品。“很多人觉得《洪范》晚出，是由于篇中首列五行，而近人的一项成见，是以为五行的出现很迟。这种论证方式，在逻辑上是颠倒的。” 建国后的中医教材中把五行和五材硬拉到一起，也因为文献考据不足而承认是一种推测 。对五行理论发展的“疑古”考证，逻辑上是错误的。根据“疑古派”的逻辑，凡是涉略五行的先秦作品，大都是汉代以后的伪作。凡是有金、木、水、火、土之类文字出现的，就必然是讲古代的五行理论。按照这些考证，很多文献被认定为西汉以后完成却伪称是先秦作品。随着郭店楚墓竹简出土，证明《尚书》确实为周代作品而非汉代人伪作的。
第二点，五行学说在儒学和中医学上发挥的只是哲学作用，而不是物质作用。
近年来，中医学者也说明在用于疾病研究的方法论中，五行已经不再是五种物质，而是哲学概念 。更重要的是，中国古代在《黄帝内经》以后一直把用于分析生命现象的阴阳五行当成哲学概念解说，而不是当成朴素唯物论来解说。这就导致了五行学说对秦汉之后的儒学发展也就一直发生了方法论上的作用 ，而不是五种物质的作用。
从战国到明清，各种医学、儒学著作大都是用变化和作用来理解五行关系，如《黄帝内经》 、董仲舒的《春秋繁露》 、班固的《白虎通》 等都是类似的理解。
第三点，五行理论本身不支持物质说法。
五行表达了阴阳之间的关系。五行在生命体内的相互依存，表达了阴阳之间相互依存不可分割的关系；五行之间的相互制约，表达了生命运动所具有的内部规定性；五行的运动和转化，表达了阴阳之间不断发生力量变化的消长关系；五行不能独立存在，同生同灭，表达了阴阳并行不悖的关系。阴阳之间的这种重要关系，也无法用五种物质关系来理解。五行所描述的是不能分割的一体关系 ，是生命体内的互相支持、互相制约又不断变化的关系，而不是五种独立个体之间的关系。
金、木、水、火、土，这五种物质之间缺乏严格的互相支持关系，可以独立存在。而在五行学说中，没有一“行”可以离开其他的四“行”而存在。因此把五行说成是五种物质是牵强附会的。
第四点，五行理论的功用不支持物质说法。
五行理论是用来解说天地万物变化的。所以中医学总是用运行不息来理解五行。中医学的阴阳关系，是通过五行（木、火、土、金、水）来表述的。阴阳五行，描述了生命系统内部所必须具有的相互支持和相互制约力量，因而形成了对生命特殊的看法。五行理论把生命描述成活的、不断运动发展和能够维护自身平衡的生命，而这一作用无法用把五行看成五种物质的理论来完成。
（三）阴阳哲学的研究对象
阴阳哲学研究的是天地变化之道，万物运行的法则，生命变化的规律，生命内部的制约和支持关系，生命力的源头。这五点是对《黄帝内经》中所阐述的阴阳五行理论内容的提炼：
第一点，阴阳理论用来阐述天地生成和变化。中国古代认为在混沌之后，清阳上浮为天，浊阴下沉为地，所以清阳为天，浊阴为地。又认为地气上升为云，天气下降为雨 。而这一过程和天地生成过程构成了天地之间的物质循环。
第二点，阴阳理论用来阐述万物运行的法则。阴阳用来阐述运动的不同方式、方向和结果 。
第三点，阴阳理论用来阐述生命变化规律。中国古代用生、长、收、藏来说明生命的变化形式和过程，而推动这一过程实现的力量就是阴阳 。
阴阳用来说明生命变化形式的“生、长、收、藏”。推动了生命过程的“生、长、化、收、藏”，形成终而复始的运动，这正是五行理论的内容之一。这也充分表明了五行理论是用来解释和落实阴阳理论的。
第四点，阴阳理论用来阐述生命内部的制约和支持关系 。
第五点，阴阳理论用来阐述生命能力的源头。在中国古代，道家和医家都是用“神明”来描述生命的生灭现象和能力 。阴阳正是这种生灭现象发生的原因，因此也就是用来理解生命现象的。
上述五个方面代表了中国古代对天地、生命的基本看法，被《黄帝内经》归结为：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”
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