1. 降水少是主要原因
由于2003年全流域降雨比多年平均减少2成以上。广州市番禺区沙湾水道上游西江流域减少6成，加上2004年入冬以来降雨锐减，导致南粤各地江、湖、库水位急剧下降，目前广东省30座大型水库总蓄水量为11048.4百万立方米，比干旱的2003年同期减少3363.6百万立方米，减幅为23％。降雨减少导致江河流量严重减少，2005年初西江高要站的水位为－0.06米。珠江上游少雨，源水水量减少，下游则受海水潮汐影响，形成咸潮。咸潮的直接诱因就是南粤大地连年干旱。
2. 珠江无序挖沙也助长了特大咸潮的形成
整个珠江口的年平均沙量是8000万吨，这个数字是包括悬浮在水里的泥沙的，而沉在河底的粗沙只占总量的5％～6％，人们挖走的泥沙部分都是粗沙，而且开采量已经连续15年超过了8000万吨，这就把历史上积存的河沙也挖尽了，而且上游的泥沙不够补够补充已被挖走的河沙。
目前，整个珠江三角洲河段约有100多艘非法采沙船，导致河段已基本没有河沙；没有河沙河段正沿着大江大河自下溯江而上；过量滥采河沙造成河床严重下切，引发咸潮上溯。
3．海平面上升加剧咸潮蔓延
海平面上升与咸潮之间的关系引人注目。最近，由中国科学院、广东省科学院等13个单位、100多位科技人员历时8年合作完成的一项研究表明，珠江三角洲地区的海平面到2030年可能会上升30厘米。该研究小组一位研究员说，如果疏于防范，珠三角这一中国最发达的地区将遭受更为严重的洪水、风暴潮、涝灾和咸潮的袭击，面临“被淹”的危险。
4．生产和生活用水增加加剧咸潮的严重
南一带沿海地区随着经济急速发展，工业生产规模扩张，常住人口增长，生产和生活用水急剧增加，导致江河水流量减少，这使当地咸潮入侵日益增加。
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