人的胃肠道存有大约400多种细菌，分为共生性、致病性、中间性3种类型。正常情况下，肠内菌群互相保持着共生或拮抗的关系，以达到平衡状态。当肠道正常菌群的种类、数量和比例发生异常变化的，则称为“菌群失调”。由于菌群失调使有害菌增加，有益菌减少，因而可导致人体患病，真中以腹泻最明显，也可发生其他一些疾病。这个时候，医生往往让病人使用微生态调节剂来治疗。
微生态凋节剂又称肠道菌群关调矫正剂，对调节肠道菌群失调，改善微生态环确有良好的预防和治疗作用。
目前不论是药店，还是医院药房销售的微生态调节剂，基本上分为两类，一类是活菌制剂，如丽珠肠乐、整肠生、培菲康、妈咪爱。三株回服液、昂立一号等。另一类是死菌或其代谢产物制剂，如乐托尔及乳酸菌素片等。
第一，微生态调节剂毕竟不是营养保健品，它有其适应症，应根据临床需要及个体情况用药，不能长期服用。有人单纯地把它当作助消化药，想吃就吃，是不对的。
第二，从原则上讲，活菌制剂不宜与抗菌药及抗生素同时用，因抗菌药及抗生素对活菌有灭活作用（个别例外，如米雅）。如果需要同的应用抗生素时，应选用死菌或其代谢产物的制剂，如乐托尔及乳酸菌素片等，或者采取使用抗菌药物之后，再服用本类制剂的办法。
第三，微生态调节剂种类很多，但都是大同小异，作用机制亦大体相似，因此在具体应用时应根据临床特点和此类调节剂制剂的生物学特性来选择药物。比如若要尽快建立肠道的正常菌群，宜使用培菲康，因本品为三朕活茵制剂，3种细菌分别分布在肠道的不同部位，以不同的速度进行繁殖，其作用快而持久；如小儿腹泻或是消化不良，则宜选用妈咪爱散剂，因为其既能调整肠道菌群，助消化，又能提供多种维生素和微量元素；如果治疗伪膜性肠炎或因摄入食物中的毒素而需要解毒等，则应选用米雅，因米雅是一种耐酸抗腐败性能很强的厌氧芽胞杆菌，这种菌是暂住人体肠道内的正常有益菌群，故使用它更为合适。
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