虽然印尼“鸟头海域”物种丰富让科学家们十分欣喜，但他们难免担心这些物种受到来自多方的威胁。在所有新发现的鱼类中，虽然只有一种黄尾鱼可供人类食用，但科学家仍然担心，其他一些鱼可能被人类捉去当观赏鱼。
对珊瑚三角区所面临的问题，美国科学家厄尔德曼教授说：“现在对这些物种的居住场所———暗礁(珊瑚礁)威胁最大，最应引起人们注意的是那些极具破坏性的捕鱼方式，比如炸鱼和投放氢化物捕鱼。而在海岸进行的采矿和伐木业对珊瑚礁的破坏力也非常大。这会迅速腐蚀珊瑚礁，使它们的范围减小。”
厄尔德曼教授告诉记者，他们的调查已经得到了印尼政府和巴布亚政府的重视。他说：“非常幸运，印尼政府和巴布亚政府已经对我们的调查进行了积极的回应。他们已经表示希望能够扩大海域的保护区范围以确保鸟头海域的生物多样性。”
另外，厄尔德曼也向记者介绍了国际保护组织对该海域的一些保护措施。国际保护组织以及它的合作伙伴(包括印尼野生动物基金会等)将在鸟头海域建立起强大的生物多样性保护网络，并且也要保证海域周围地区的食品供应。他说：“幸运的是，我们非常高兴得到印尼政府的积极配合。”
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